Der Stiftungsrat der Bundesstiftung Flucht, Vertreibung, Versöhnung hat folgende Zusammensetzung:

Für den Deutschen Bundestag:

• Stephan Mayer MdB

• Awet Tesfaiesus MdB

• Marianne Schieder MdB

• Thomas Hacker MdB

Für die Bundesregierung:

• Vorsitzender: Dr. Andreas Görgen, Leitender Beamter bei der Beauftragten der Bundesregierung für Kultur und Medien (BKM)

• Staatsministerin Katja Keul MdB, Auswärtiges Amt

• Jörn Thießen, Bundesministerium des Innern und für Heimat

Für den Bund der Vertriebenen (BdV):

• Prof. Dr. Bernd Fabritius

• Stephan Grigat

• Christian Knauer

• Iris Ripsam MdB

• Johann Thießen

• Editha Westmann MdL

Für die Evangelische Kirche in Deutschland:

• Dr. Johann Hinrich Claussen

• Prof. Dr. Katja Lembke

Für die Katholische Kirche in Deutschland:

• Weihbischof Dr. Reinhard Hauke

• Dr. Jörg Lüer

Für den Zentralrat der Juden in Deutschland:

• Mark Dainow

• Barbara Traub

Mitglieder kraft Amtes: 

• Prof. Dr. Harald Biermann, Präsident der Stiftung »Haus der Geschichte der Bundesrepublik Deutschland«

• Prof. Dr. Raphael Gross, Präsident der Stiftung »Deutsches Historisches Museum« als Trägerstiftung der Stiftung Flucht, Vertreibung, Versöhnung

Der internationale Wissenschaftliche Beraterkreis berät den Stiftungsrat und die Direktorin entsprechend dem Stiftungszweck in fachlichen Fragen. Er besteht aus 13 Mitgliedern, die vom Stiftungsrat ernannt werden.

Der Wissenschaftliche Beraterkreis hat folgende Zusammensetzung:

• Dr. Peter Becher, Adalbert Stifter Verein e.V., München

• Dr. Mathias Beer, Institut für Donauschwäbische Geschichte und Landeskunde, Tübingen

• Stellvertretende Vorsitzende: Dr. Simone Blaschke, Deutsches Auswandererhaus, Bremerhaven

• Prof. Dr. Monika Fenn, Universität Potsdam, Historisches Institut, Potsdam

• Prof. Dr. Mary Fulbrook, University College London, European Institute, London, Großbritannien

• Prof. Dr. Hans-Lukas Kieser, Universität Zürich, Historisches Seminar, Zürich, Schweiz und University Newcastle, Centre for the History of Violence, Newcastle, Australien

• Vorsitzender: Prof. Dr. Frank-Lothar Kroll, Technische Universität Chemnitz, Philosophische Fakultät, Chemnitz

• Prof. Dr. Stephan Lehnstaedt, Touro College Berlin ―Campus am Rupenhorn, Berlin

• Prof. Dr. Piotr Madajczyk, Instytut Studiów Politycznych PAN, Warschau, Polen

• Ondřej Matějka, Institut für Erforschung totalitärer Regime, Prag, Tschechien

• Prof. Dr. Norman Naimark, Stanford University, Department of History, Stanford, USA

• Prof. Dr. Jochen Oltmer, Universität Osnabrück, Institut für Migrationsforschung und Interkulturelle Studien, Osnabrück

• Univ.-Prof. Dr. Miloš Vec, Universität Wien, Institut für Rechts-und Verfassungsgeschichte, Wien, Österreich